深圳市政府2004年10月成立治污保潔工程領導小組，當時領導小組只有27個成員單位，十年來隨著工作內涵的充實，該平臺不斷拓展，目前形成了以分管市領導（深圳市委常委、常務副市長呂銳鋒）為組長、市政府分管副秘書長（副秘書長許重光）為副組長的領導小組，辦公室常設在市人居環境委員會，成員單位擴充到38家，包括各區和新區、18個市直部門、深圳海事局、9個國有集團及重點企業。

深圳市全面啟動省下達的8項先鋒工程，1項提前完成，取得了良好開局。

先后出臺了總體實施方案、考核辦法、五年行動計劃、各年度任務方案等，全面部署推動工程實施；同時，引入了第三方現場督查，建立任務動態調整機制和信息機制；開辟項目“綠色通道”，提供“直通車”服務；開發、應用管理信息系統，完成首輪回顧總結與績效評估工作。

這一階段，治污保潔平臺建設日漸成熟，配套工作機制與制度形成體系，逐步確立了在環境建設和生態保護工作中的統籌地位。

第三方現場督查制度是該階段創新引入、最具特色的制度。2007年正式開始實施，由市財政每年安排專項資金支持，委托有資質的第三方專業機構，每月對在建重點工程進行現場查勘，實時跟進，及時發現和反饋問題。督查結果作為督辦考核的重要依據。

治污保潔緊密結合形勢，進一步完善規章制度，優化任務統籌、督辦考核機制，制定新一輪五年行動計劃，開展回顧總結，擴大宣傳示范效應。

任務分批下發，考核增加任務系數規則和前期審批單位審批權限考核內容，建立約談機制等，是該階段引入的特色制度。

10年來，治污保潔工程先后建立了部署籌劃、會議協商、信息交流、項目協調、服務推進、資金保障、督查督辦、任務調整、調研評估、考核表彰、約談等11個機制和配套的9項章程。在任務制定、調整、督查及考核等方面均制定了規范程序。各成員單位也充分發揮各自優勢，建立了長效推進機制，促進項目的有效落實。

治污保潔平臺務實、有序、創新、長效的工作機制，得到了市政府、市人大政協、市監察局、特邀監察員、環保專家的高度評價，得到各成員單位的支持和認可。