免費發放是管理當局將核算好的排放權無償發給企業；拍賣則是按照一定規則，企業通過競拍獲得碳排放權。政府可將拍賣所得用于補貼企業由于承擔減排任務而出現的損失，鼓勵清潔能源發展和減排技術的研發等。

　　各國在減排初期，為減少企業的成本壓力，通常都免費發放大部分排放權，試行拍賣小部分，再逐步增加排放權拍賣比例。在ETS的第一階段，歐盟規定通過拍賣發放的排放權不超過總量的5%，其他均實行免費發放。實際上只有丹麥、匈牙利、立陶宛和愛爾蘭采用拍賣，排放權拍賣量分別只占其總量的5%、2.5%、1.5%、0.75%。初期由于電力部門的自然壟斷特性，較容易轉嫁成本，因而排放權拍賣只相對電力企業。如果市場價格公開透明，拍賣成交價往往與市場價趨同。例如，2006年2月17日，愛爾蘭的拍賣價格為一單位排放權26.3歐元，同日碳排放交易市場價格為26.85歐元（Convery, Redmond 2006）。

　　ETS第一階段的經驗表明，免費發放存在一定問題（Aluman， Burtraw, Kruger,& Zetterberg, 2007）。企業在申報碳排放量時往往有所夸大，各國政府為保護本國企業也傾向于為企業提供更寬松的環境，過量發放排放權，導致碳交易量下降、價格過低，降低企業減排動力。同時，從ETS和美國SO2排放權交易情況看，盡管排放權免費分配，但企業在減排過程中仍會出現成本上升、將成本轉嫁消費者的現象，使消費者受到損失。而通過拍賣來發放排放權，企業獲得排放權的成本提高，減排面臨更大壓力和動力，有助于更好地實現減排目標（World Bank， 2009）。政府可將拍賣收入用于補貼消費者，或給企業或消費者減稅，提高生產和消費的積極性，促進經濟增長。

　　總之，隨著碳排放權交易市場各項制度的逐步完善和市場的平穩運行，各國增加排放權拍賣是大勢所趨。歐盟規定2013年拍賣約50%的排放權，其中電力行業全部排放權都通過拍賣發放。2013-2020年，每年拍賣的EUA將達13億個，價值250-400億美元。到2020年，各行業碳排放權拍賣比重將增至70-80% (Ellerman,Buchner,2007)。在美國，已經眾議院通過的《清潔能源與安全法案》（還有待參議院通過和總統簽署才能成為法律）規定，在法律實施的最初幾年，將免費發放80%排放權，之后隨著絕對減排量的增加和排放權的減少，免費發放的排放權將逐年減少。到2030、2050年，免費發放的排放權占比將分別降至30%和25%，其余排放權將通過拍賣發放。2012-2050年，美國政府計劃將拍賣所得的50-60%用于補貼因能源價格上漲而受到損失的消費者，其余用于補貼水泥、鋼鐵等企業和支持清潔能源技術開發等方面(U.S. Congress,2009)。