碳排放交易制度不僅是國家應對氣候變化的重要政策工具，也是環境公共治理框架的一個重要組成部分。建立全國碳交易體系是一項長期復雜的系統工程，從現有試點省市運行情況來看，中國的碳排放交易市場仍存在很多問題。

首先，交易規則不一致，推廣難度較大。中國是一個具有典型“二元經濟”特征、區域發展不平衡的國家。同時，東部、中部、西部的改革進程差異大，金融資源不平衡。基于中國區域發展的差異性，現階段多區域碳交易市場并行可以適應不同區域的經濟發展水平，體現差異化的減排目標和成本，進而提高碳交易市場的運行效率。但是“兩省五市”各自同時開展區域碳交易市場機制設計，政策、技術相互獨立，必然會出現交易規則上的不一致，這將給未來全國范圍內的推廣工作增加難度。

其次，交易日比例較低，交易不連續。截止到2014年11月13日，“兩省五市”碳交易試點累計成交額為4.54億元，交易量為1.43億噸。相較于發達國家碳交易市場，中國碳交易量較小并且企業的履約率較低。另外，試點省市的碳交易存在斷斷續續的情況，交易之間間隔時間較長，重慶市甚至出現首筆交易之后再無交易的情況。根據各試點省市啟動交易之日至2014年11月13日的數據統計，交易日比例最高的試點省市為深圳，達到69.86%；其次為湖北，交易日比例為66.67%；北京、上海、廣東的交易日比例均低于50%；重慶交易日比例最低，為0.68%。（如表2所示）

第三，企業按期履約率低，市場活躍度較差。由于試點省市啟動時間較短，配額企業首次履約，加之各試點設計的懲罰力度較低，對企業的約束能力較差，因此，目前試點省市普遍存在企業履約率低、市場活躍度差的問題。根據已有信息統計，深圳和上海是僅有的兩個按期履約的試點單位，其他幾個試點均由于各種原因未能按期履約。