與一般的投資項目相比，清潔發展機制項目需要滿足額外的要求，經歷額外的審批程序等，使得清潔發展機制項目的開發給開發者帶來一些額外的交易成本。清潔發展機制是一個新的事物，很難準確估計交易成本的大小。據估計，對于一個大型清潔發展機制項目而言，交易成本有可能高達 20 萬～ 25 萬美元 (Pembina Institate ， 2003) 。清潔發展機制項目開發者需要承擔的交易成本主要發生在如下方面：

· 項目搜尋

· 發展／選擇基準線方法學并且估計項目減排量

· 準備相關技術文件

· 東道國的批準，利益相關方的咨詢和環境影響評價

· 準備 CER 購買協定

· 指定經營實體對項目的審定

· 注冊費

· 監測

· 核查和核證費用

· 適應性費用 ( 總 CERs 的 2 ％ )

· 清潔發展機制的管理費用

    這其中的一些費用是一次性的，包括：項目搜尋、發展／選擇基準線方法學并且估計項目減排量、準備相關技術文件、東道國的批準、利益相關者的咨詢和環境影響評價、準備 CER 購買協議、指定經營實體對項目的審定、注冊費等。而監測費用、核查和核證費用、適應性費用和清潔發展機制的管理費用則是在整個項目過程中一直發生的。當然，有些費用的發生與東道國的要求緊密相關，如果東道國沒有這方面的額外要求，相關的費用也不會發生。例如，如果東道國對于清潔發展機制項目沒有與一般建設項目相比額外的環境影響評價要求，則這個交易成本中就不會包括這部分費用。

    有些費用也可以通過適當的方式降低。比如，如果東道國政府能夠與投資國政府合作，采取適當的方式來促進兩國企業間的合作，則項目搜尋成本可以大為降低。隨著經過批準的方法學越來越多，項目開發者可以選擇應用經批準的方法學，而不必自己開發新的方法學，從而大大降低確定項目的基準線、監測計劃等的成本。隨著國際碳市場上項目經驗的逐漸增多，一些交易的 CER 購買合同有可能作為樣本供其他企業參考，因此也就可以相應地降低與此相關的交易成本。

    越早進入碳市場的企業，因為相關的市場經驗較少，面臨的交易成本越高。晚進入市場雖然交易成本可以相應降低，但有可能會錯失很好的項目合作機遇。考慮到第一承諾期的開始日期越來越近，加之項目的開發和建設都需要一定的時間，而且項目只有在開始運行后才能產生減排量，盡早參與國際清潔發展機制項目合作就顯得越來越重要。