EU ETS在歐洲范圍內運行，一方面，通過市場價格反映了近期配額供需狀況，并有利于長期CO2減排和產業結構調整，主要體現在以下三個方面。
 
1.EU ETS碳價已經基本反映配額供需狀況，逐漸為碳密集行業的投資決策提供有效的參考依據。
 
    2007年，第一階段碳期貨價格接近0，是由于配額過剩；第二階段碳價平穩，反映了交易商對未來碳資源稀缺的預期。更重要的是，所有的大企業（尤其是電力行業）或金融機構都意識到，歐洲的碳不再是免費資源，而且碳排放在未來將更為昂貴，這是過去3年來有關各方努力組建EUETS的重要成就。
 
2.EU ETS不但實現了絕對減排，而且促進了排放效率的顯著改進。
 
    EU ETS的初衷在于在國際范圍內以最低的成本實現減排承諾，盡管由于機制設計和基礎數據方面的準備不足，在第一階段的實踐中，這一目標進展不大，但實現了部分減排效果。數據表明，歐盟2005～2006年的排放低于其2002～2004年的排放。而有研究認為，EU ETS對減排的貢獻合理估計在0.5億～1億噸/年，或者是沒有EU ETS存在所排放CO2的2.5%到5%。此外，由于EU ETS帶來的壓力，歐盟電力部門出現了一些新的減排動向和機會。在德國，從高排放的褐煤發電轉到越來越多低排放的無煙煤發電和生物質能利用。在英國，盡管近些年由于核電減少和天然氣價格高企導致煤電份額出現增長，但如果沒有碳價的考慮，煤電會增加更多，而且，由于生物質能的推廣和能源效率的提高，英國燃煤電廠的CO2排放效率出現了明顯的改進。
 
   另一方面，EU ETS的建立和成功運行，在全球排放權交易實踐和理論發展方面起到了示范作用，并對進一步加速全球碳市場的融合和建立起到促進作用，具體包括：
 
1.EU ETS實踐了排放權交易理論，為其他溫室氣體市場提供了示范。
 
    EU ETS實施的第一階段實現了建立碳交易系統，并使其運行的目標隨著實踐的豐富和各國的共同努力，一些經驗教訓已經吸取并對第二階段的機制設計（如NAPII）積累了經驗。
 
2.EU ETS在機制設計理論方面為多國氣候談判提供了重要參照。
 
    在機制設計方面，如配額分配、監測和報告，不同交易階段之間的連接，不同碳市場之間的互動等，EU ETS本身是一個跨國集成系統，是一個多國談判協商綜合得到的成果，不僅值得未來的國際氣候談判借鑒，也能為其他行業國際組織的形成提供參考。
 
3.EU ETS與其他碳市場相互聯動，有助于推動整個國際碳市場的融合與發展。
 
    國際碳市場主要包括以《京都議定書》三種靈活機制為基礎的碳交易，其中ETS是基于配額的碳市場，而CDM和JI是基于項目的碳市場。EU ETS與CDM的聯動為CDM項目提供了價格參考，推動了發展中國家CDM項目的發展；通過JI項目覆蓋了更多的減排行業，實現了更多的減排量。EU ETS與其他碳市場之間的聯動為以后氣候制度設計和談判提供了有益的實踐基礎。
 
EU ETS實踐的局限及尚待改進的方向
 
    盡管EU ETS發展迅速，為履行減排承諾提供了有益支持，但仍然存在許多局限，在后續的市場監管和機制設計中，應該給予關注。主要表現在：
 
    EU ETS未來的發展前景受“后京都時代”不確定性的影響較大。目前，對于2012年之后的國家減排框架仍然未達成實質性協議，這給《京都議定書》以后的國際碳市場發展前景帶來了很大不確定性。隨著2012年逐漸臨近，國際社會仍然為利益問題進行著激烈的爭論，“后京都時代”減排量分配問題必將對歐盟的減排政策產生沖擊，進而影響到EU ETS的發展。
 
    EU ETS未能引導低碳經濟的發展。EU ETS的市場信號和歐盟各個成員國的國家分配計劃（NAP）未必能將各國未來的投資引導到低碳經濟的方向上去，盡管這是EU ETS的一個重要目標。
 
    EU ETS對碳密集型行業的積極作用目前較為有限。有關研究分析了法國、葡萄牙、西班牙和英國1976～2005年的水泥凈出口數據，結果表明，產能利用率是凈出口的主要影響因素，能源成本居其次，而碳價影響不顯著。在煉制工業，2005～2006年，煉制工業部門減少排放0.56%，而排放配額剩余7%，因此，沒有花費購買碳的成本。在鋼鐵行業，鋼鐵工業普遍從過分分配的配額中獲益；鋼鐵價格上揚使得很難發現碳價對鋼鐵部門盈利能力的沖擊。歐洲是原鋁凈進口地區，1999～2006年的數據表明，碳價尚未造成歐盟鋁進口增加而影響國內廠商的市場份額削減。
 
    EU ETS幾乎不涉及CO2以外的溫室氣體排放。在歐盟，CO2以外的溫室氣體占總排放的20%，因此，EU ETS對完成《京都議定書》減排承諾的影響并不充分。而且，各個國家內部差異很大，例如，在法國，ETS所涉及部門的排放僅占其溫室氣體總排放量的20%，而在愛沙尼亞，該比例為69%。
 
    由于EU ETS只覆蓋歐盟45%的CO2排放，其影響有限。EU ETS涵蓋歐盟25個國家近1.2萬個排放設施，包括煉油廠、煉焦廠、20MW以上的電廠、鋼鐵廠、水泥廠、玻璃廠、陶瓷廠以及紙漿造紙廠等，但還有55%的CO2排放沒有納入該交易體系。
 
    減排成本可能會引起電價等能源價格上漲。隨著EUETS第二階段的開始，越來越多的企業進入市場。如果市場新入者是發電行業等碳密集行業，隨著碳價上升而帶來的成本上揚，將一定程度上阻礙該行業科學技術的更新換代，引發該行業低效率的額外投資，并長期造成電力等能源價格的上漲。
 
    EU ETS成交量依然有限。與《京都議定書》的減排承諾目標相比，EU ETS的成交量仍相當有限，每月成交量盡管一直在增長，但尚未超過第一階段分配額的1.6%。
 
    實現應對氣候變化需要整個產業鏈的創新。碳排放權交易只是實現這一目標的必要條件，EU ETS只是在整個歐洲建立一個通用信用體系進行排放權交易；僅僅依靠碳市場，遠遠達不到應對氣候變化的目標。EU ETS雖然順利地完成了第一階段目標，但仍然存在許多不足，需要有的放矢地改革和發展。具體可以考慮從以下幾個方面進行改進。
 
    實質性削減排放權數量，可以避免出現碳價大幅度跳水，提高EU ETS的流動性，確保市場參與者的競爭能力。只有增加碳市場的活躍度，同時確保適度的碳價，才能保證利益相關者對排放權成本的重視，使得各個排放單位重視技術進步與排放權交易。
 
    完善市場規則。對于已有市場參與者，需要根據行業的不同，進一步細化減排行動的基準市場規則。對于市場新入者，則需要確保競爭的初始公平性。完善的市場規則有助于減少不必要的損失，不過，因為碳市場的特殊性，必須充分考慮到不同行業間的差異性。更重要的是，行之有效的市場規則有利于防止“競次”（race to the bottom）現象的出現。
 
    逐步擴大排放權拍賣的份額。歐盟委員會應當鼓勵套期保值工具的使用，同時完善期貨市場交易規則，保障投資的安全性，降低市場紊亂出現的可能性。更有學者提出，在第三階段取消免費發放排放權。
 
    只有不斷改革，才能使得EU ETS真正發揮全局成本最小化的減排功效，為歐盟達成自身制定的減排目標作出貢獻，也為其他國家碳市場的建立與發展壯大提供寶貴的經驗。