建立EU ETS的目的是利用市場機制來應對氣候變化。為了更有效地降低減排成本，歐盟提出建立統一的歐洲碳市場，利用市場機制來解決氣候變化問題。同時，建立這種市場還能為將來建立全球性排放交易市場提供理論和經驗支持。
 
    1986年公布的《單一歐洲法令》（The Single European Act）和1997年通過的《京都議定書》為利用市場機制應對氣候變化提供了法律支持。1986年的法令正式提出建立歐洲各國的政治合作和單一的歐洲市場，強調氣候變化是一個跨國界的、全世界共有的問題，需要尋找一種成本有效的應對辦法。1997年，在日本京都召開的第三次締約方大會上，通過了《京都議定書》。2005年2月16日《京都議定書》正式生效，這意味著工業化發達國家的溫室氣體減排目標和責任具有了法律約束力。
 
    EU ETS從草案提出到實施歷時4年。根據《京都議定書》中8%的減排承諾目標，歐盟部分成員國在1998年6月簽署了一個費用分攤協議，同月，歐盟委員會發布題為《氣候變化：后京都議定書的歐盟策略》（Climate Change: Towards an EU Post-Kyoto Strategy）的報告，提出應該在2005年前建立歐盟內部的交易體系。2001年，EUETS意見稿提交并正式討論；2002年10月，歐盟議會通過了該意見稿；2003年7月經修改的意見稿在歐盟議會和部長理事會上通過；同年10月13日，2003/87/EC排放交易法令正式生效，規定EUETS從2005年1月起開始交易。