AR5關于減緩氣候變化社會經濟影響評價的內容，涉及到如下四類主要的方法學問題。

第一類是概念框架的構建。這主要是基于對氣候變化自然科學、工程技術和社會科學的系統知識，勾畫分析對象的邊界，識別主要問題，形成統一理解的概念、定義和語義符號，在不同概念、問題、領域之間建立重要因果關系。在不確定性與風險構成、費用與效益和效果的定義與量度、協同效益、可持續發展等領域的概念和定義等實證分析領域的歧義越來越小，知識體系日臻成熟完整；但在倫理與價值判斷等規范研究領域，如氣候變化背景下的公平、正義、風險框架內的損害、脆弱性與或然性的賦值等，則存在著較大的歧義和多樣化的判斷標準。概念構建的這些歧義直接影響了其后對相同歷史排放數據的組織與解釋，影響了對努力分擔與國家分組的定量分析標準選擇，也會對政策和體制分析范圍、維度和結構的選取造成影響。

第二類是模型模擬工具應用集成。這主要涉及大規模全球綜合評估模型與其他國別或簡化模型的協調；同時還涉及綜合評估模型與行業、部門模型的協調。此外還涉及基于不同方法學（自下而上或自上而下）構建的模型工具的協調。

第三類是評價標準與維度、分析范圍的選取。這主要體現在對時間序列數據歷史區間的選取、國家分組、分析維度與指標的選取等方面，主要由第一類概念框架構建問題決定。在政策體制分析中此類方法學問題主要表現為缺少系統性和清晰性。

第四類是測量核算標準與規范。比較有爭議的是對溫室氣體排放量的統計核算中，是否可以將不確定性較小的化石能源燃燒、水泥生產等工業過程和逸散燃燒排放與不確定性較大的森林與土地利用變化排放兩類排放數據簡單加和？如何理解與處理生產端和消費端排放？另外一個有爭議的問題是對投資、發達國家援助資金的計量，在核算標準上還存在著較大分歧并缺乏透明度，在形成一個統一、透明、公認的核算標準、準則方面，還存在著差距。此外，盡管最近幾十年里，資源與環境經濟學在對非市場貿易的外部性或公共財富價值計量方法與工具的發展方面取得了顯著的進展，但其不確定性依然對其應用推廣形成實質性的制約，這主要體現在對減緩氣候變化形成的氣候保護效益、災害損失計量、一些協同效益計量等方面。此外，由于氣候變化背景下的費用效益分析與費用效果分析都是在長時間尺度下進行的，如前所述，貼現率選取的差異也會給費用與效益的估計帶來巨大的不確定性和估計差別。