項目活動的監測（Monitoring）是項目參與方按照項目設計文件所詳細描述的監測計劃，在項目活動的執行過程中，對有關溫室氣體減排的所有資料、參數等進行有目的、定期、可復查的記錄、收集和歸檔。按UNFCCC的定義，監測是『為決定基準線、測量某CDM項目邊界內的溫室氣體人類性排放和可適用的泄露，對全部的有關資料進行收集和存檔』。因此，注冊項目之前監測計劃需要得到CDM執行理事會的批準。如同基準線方法學，監測方法也存在正常的『已批準監測方法學』和適用于小規模項目活動的『簡化監測方法學』。CDM的模式和程序允許項目參與方對監測計劃進行不時的修改，但有關修改需要由DOE審定，并且有關監測計劃的修改應在簽發CERs之前由項目參與方完成及DOE審定。