除了稅率之外，如何征管也是改革要考量的重要方面。記者了解到，計征方式的選擇與污染物排放稅的具體征管模式相關。如果選擇稅務部門自行征收的模式，由于排污費在廢氣和廢水等污染物的計征方式上涉及環境監測等方面的專業要求，如果由稅務部門按此方法進行征收難以滿足相關條件，因此可能需要對計征方式進行相應調整。
“從收費改為稅收后，我認為稅收的征管模式應該是稅務主導、環保配合。現在收費主要是由環保部門說了算，有專門的監測部門，比較專業。下一步應該是稅務主導，還需要環保部門的專業知識配合。”蘇明表示。

此外，多位專家表示，由于二氧化碳排放造成對全球氣候變化的影響，因此國際上也將碳稅作為生態保護的一個重要稅收手段。為了應對全球氣候變化和促進國內節能減排，適時開征碳稅應該作為環境稅的一個重要內容。財科所多位專家建議，希望在2018年左右出臺碳稅。在起步時把碳稅作為環境稅的一個稅目更現實，社會阻力較小。隨后應該逐步把碳稅獨立出來，作為一個單獨的稅種，并適當提高稅率。

談及開征環境稅對行業的影響，中國社科院財經戰略研究院稅收研究室主任張斌曾告訴《經濟參考報》記者，如果對基礎性產品征收環境稅的話，會體現在整個價格鏈條上。“舉個例子，如果對電力企業征收環境稅，發電行業的利潤將下降。企業為了保持利潤，可能會提高電價，那么所有用電企業都會承擔稅負、增加成本。”張斌表示：“短期內，一些行業的利潤會受影響，但是從長遠來看，企業通過采購環保設備，降低稅負，達到減排的效果，利潤應該是可以保證的。”