2004年，歐盟發布了2004/101/EC號指令，允許各個實體通過在CDM和聯合履約（Joint Implementation,JI）下通過開展項目合作來獲取減排信用，以抵消其部分碳排放。2004/101/EC指令，也被稱為鏈接指令，因為其將EU ETS與京都機制連接起來。該鏈接指令的目的是以高成本效益和經濟有效的方式來推廣溫室氣體減排，并且通過資金支持來鼓勵發展中國家和經濟轉型國家的可持續發展。

2008年起，歐盟引進CDM和JI作為EUETS的抵消機制，允許運營商使用CDM或JI項目所產生的國際抵消信用來抵消部分排放量，2008~2020年期間整體的合計抵消額度不能超過這個階段50%的減排量。

第二階段各個成員國允許運營商使用的抵消信用數量由各國的國家分配計劃（NAP）各自規定。第二階段和第三階段運營商可以使用的抵消信用數量之和由歐盟統一規定。歐盟在2013年11月公布了相關國際抵消數量的規定：對于在第二階段獲得免費配額的運營商，2008~2020年可以使用的國際抵消信用數量之和不得高于其在2008~2012年期間允許使用的國家信用數量或者2008~2012年期間分得的免費配額數量的11%；對于第三階段新納入的運營商，2008~2020年期間可以使用國際信用數量上限為2013~2020年排放量的4.5% ；對于第三階段有新增設施的運營商，2008~2020年可以使用的國際抵消信用數量之和不高于2008~2012年期間允許使用的信用數量或者2008-2012年期間分得的免費配額數量的11%或2013~2020年排放量的4.5%；對于航空運營商，2013~2020年期間可以使用的國際信用數量上限為排放量的1.5%。