重點生態功能區分為限制開發的重點生態功能區和禁止開發的重點生態功能區，限制開發的重點生態功能區包括《全國主體功能區規劃》確定的25個國家級重點生態功能區，以及省級主體功能區規劃劃定的其他省級限制開發的重點生態功能區。禁止開發的重點生態功能區是指依法設立的各級各類自然文化資源保護區，以及其他需要特殊保護，禁止進行工業化、城市化開發，并點狀分布于優化開發、重點開發和限制開發區域之中的重點生態功能區。

       限制開發的重點生態功能區。嚴格控制溫室氣體排放增長。制定嚴格的產業發展目錄，嚴格控制開發強度，限制新上高碳工業項目，逐步轉移高碳產業，對不符合主體功能定位的現有產業實行退出機制，因地制宜發展特色低碳產業，以保護和修復生態環境為首要任務，努力增加碳匯，引導超載人口逐步有序轉移。在條件適宜地區，積極推廣沼氣、風能、太陽能、地熱能等清潔能源，努力解決農村特別是山區、高原、草原和海島地區農村能源需求。加大氣候變化脆弱地區生態工程建設與扶貧力度，加強國家扶貧政策和應對氣候變化政策協調，推動貧困地區加快脫貧致富的同時增強應對氣候變化能力，研究建立貧困地區應對氣候變化扶持機制。

       禁止開發區域。依據法律和相關規劃實施強制性保護，嚴禁不符合主體功能定位的各類開發活動，按核心區、緩沖區、實驗區的順序，引導人口逐步有序轉移，逐步實現“零排放”。嚴格保護風景名勝區內自然環境。禁止在風景名勝區從事與風景名勝資源無關的生產建設活動。根據資源狀況和環境容量對旅游規模進行有效控制。加強生物多樣性保護，根據氣候變化狀況科學調整各類自然保護區的功能區。