首先，國際公約的延續性問題產生了市場未來發展的最大不確定性。《京都議定書》在2008年正式實施能在一定程度上改善國際碳交易市場高度分割的現狀，但是，《京都議定書》的實施期僅涵蓋2008～2012年，各國對其有關規定仍存有廣泛爭議。目前所制定的各項制度，在2012年之后是否會延續尚未可知。這種不確定性對形成統一的國際碳交易市場產生了最大的不利影響。

       其次，減排認證的相關政策風險可能阻礙市場發展。在原始減排單位的交易中，交付風險（Delivery Risk，即減排項目無法獲得預期的核證減排單位）是最主要的風險。而在所有導致交付風險的因素中，政策風險是最突出的因素。由于核證減排單位的發放需要由專門的監管部門按既定的標準和程序來進行認證，因此，即使項目獲得了成功，其能否通過認證而獲得預期的核證減排單位，仍然具有不確定性。從過去的經歷來看，由于技術發展的不穩定，以及政策意圖的變化，有關認定標準和程序一直都處于變化當中。而且，由于項目交易通常要涉及兩個以上的國家（包括認證減排單位的國家和具體項目所在的國家），除需要符合認證要求外，還需要滿足項目東道國的政策和法律限制。這使政策風險問題變得更加突出。