對部分試點的企業來說，未能按時提交報告將導致直接的經濟損失。
在
深圳市發改委關于提交排放報告的通知中，提到“逾期未提交的，將按照《深圳經濟特區
碳排放管理若干規定》等相關法律
法規和政府規章進行處罰”。
根據《深圳市碳
排放權交易管理暫行辦法（征求意見稿）》，控排單位未在規定時間內向主管部門提交
第三方核查機構的核查報告的且警告未改正，處一萬元以上五萬元以下罰款；情節嚴重的，處五萬元以上十萬元以下罰款。
上海也有類似的規定。根據《上海市碳排放管理試行辦法》，虛報、瞞報或者拒絕履行報告義務的企業未改正將面臨1萬元以上3萬元以下的罰款。無理抗拒、阻礙第三方機構開展核查工作而未改正的，將處以 3 萬元以上 5 萬元以下的罰款。
廣東省規定相同，《廣東省碳排放管理試行辦法》規定虛報、瞞報或者拒絕履行碳排放報告義務的，處1萬元以上3萬元以下罰款；阻礙核查機構現場核查，拒絕按規定提交相關證據的，處1萬元以上3萬元以下罰款；情節嚴重的，處5萬元罰款。（完）
