《條例》是1994年實施的《深圳經濟特區環境保護條例》的“升級版”。與傳統環保立法主要圍繞“水、大氣、土壤”三大領域污染防治進行規定不同，此次《條例》結合“雙區”建設需要，新增了生態修復、生物多樣性保護等制度設計，對生態環保立法進行了重構。

近年來，深圳市先后制定出臺了一系列有關大氣、水、土壤污染防治的行動計劃，取得顯著成效。為鞏固污染防治攻堅戰的成果，《條例》授權市政府制定嚴于國家標準的生態環境保護強制性地方標準。同時，創新環境影響評價制度以及生態修復機制。生態修復以自然恢復為主，人工修復為輔，有關部門應制定、完善生態修復標準，并對實施生態修復的重點區域、流域開展生態修復成效評估。

生物多樣性是維持生態平衡的基礎，《條例》就此作出一系列創新規定。要求有關部門編制生物多樣性保護行動計劃，明確重點保護范圍和保護區域；加強對野生生物天然集中分布區、野生動物遷徙洄游通道的保護，對生態功能嚴重退化的棲息地、破碎化的典型生態系統開展生物多樣性保護與生態修復；建立和完善野生動植物就地和遷地保護機制，建設種質資源庫、動物細胞庫等離體保存設施等。