減排機制是低碳發展的核心問題，在機制安排上社會上也有不同觀點，周行長最早提出了對此問題的經濟學分析框架，論證了碳市場是最優的機制。

低碳減排在機制上至少有兩種思路，包括行政化的任務分解，將任務攤派給各地方、各行業、各企業，以及依靠財稅和金融調控來實現碳資源的配置，主要是碳稅和碳市場。在早期的時候，有些人支持行政化的任務分解，這種方法簡單、可控，現在還有不少人支持碳稅。

脫離經濟學分析框架來談論機制選擇，是很難有結論的。周行長早年有紡織品配額的研究經歷，當時就有很好的分析框架，碳減排與紡織品配額在本質上沒有太大的差別，周行長就將有配額的一般均衡框架應用于碳減排分析。使用這個分析框架從理論上證明了，讓市場供求關系來決定配額價格并實現市場分配，仍會實現有配額的一般均衡，碳市場是比行政任務攤派、碳稅等更優的機制。

周行長還將這個分析框架應用于土地制度改革等其他類似問題研究，比如，基于配額交易的思想提出，建立可交易的全國土地當量市場，既能保持18億畝的耕地紅線，又讓土地市場供給更加市場化。

如何在一般均衡框架中納入碳排放，既是一個重要的經濟學理論問題，也有深刻的政策含義。經典的一般均衡模型不考慮因外部性造成的市場失靈，認為自由競爭市場通過價格的充分調整，能實現一般均衡狀態和最優資源配置。但碳排放造成的全球變暖是人類社會面臨的最大負外部性，碳減排是人類歷史上最大規模的市場干預活動，將對經濟增長、價格、投融資、消費和國際貿易等產生深遠影響。

周行長創造性地提出了“有配額的一般均衡”分析框架。這個分析框架基于簡化的一般均衡模型（s-GE）與簡化的遞推優化模型（s-RP）之間的等價關系，先在s-RP中加入碳排放約束，再通過庫恩-塔克定理轉換在s-GE中找到等價的附加表達。這樣就將碳排放納入一般均衡框架，體現在“收入函數與收入分配”部門中。碳排放約束的拉格朗日乘數（或影子價格）就對應碳排放配額價格，等于碳配額對凈附加產值的邊際貢獻（通常為負）。因此，碳排放約束機制實際上使碳成為一種作負貢獻的資源約束。

按照有配額的一般均衡框架的分析結論，基于碳市場的價格信號引導全社會的碳減排是最優的機制設計，但形成有效的價格信號又以總量目標的頂層設計為前提，這也是周行長近年來持續呼吁的關于減排機制設計的兩個重點。碳價格應能夠產生足夠激勵，而且碳價格相對穩定才能對長期投資、科技創新起引導作用。

第一，封頂的總量是形成有效碳價格的前提，因此頂層設計非常重要。根據模型的推論，先有碳排放總量，才能確定配額，進而形成有效的價格信號。芝加哥氣候交易所的自愿碳減排及碳交易市場因為沒有封頂的總量，形成的價格就不是有效的。目前，中國碳減排的總量目標還不清晰，需要加強頂層設計。此外，在設定總量目標的前提下，應拿出足夠比例的碳配額進入碳市場，而不是一點點“擠牙膏”，這不利于價格的穩定。

第二，在總量封頂的情況下，碳市場的價格信號最準確，激勵機制也最有效。按照模型的推論，碳排放權價格集中體現了產出增長、排放配額和技術進步等多種因素的綜合作用，依靠碳市場的價格信號形成的社會資源配置是最優解。

基于有效的價格信號，碳市場能夠很好地解決企業自己搞碳減排以及對低碳技術的融資問題。對前者，通過碳配額交易就可以完成，出售者拿走這部分錢去搞減排改造，少排放一些，購買者則花錢購買更多排放的權力；對后者，碳交易的價格就是低碳技術的市場價值，會促使私人投資增加，刺激低碳技術的研發和市場化，包括新能源、碳捕獲和碳沉降、煤的清潔燃燒技術等。

此外，比較碳稅與碳市場這兩種調控手段，碳稅的稅率不會比碳市場的價格更有效率，而且碳稅對低碳技術較難提供正向的激勵。在低碳轉型中，碳市場應該發揮主要的作用，如果碳稅與碳市場結合使用的話，碳稅的稅率也要參照碳市場的價格。

碳市場本質上是一個金融市場，碳配額市場大體屬于拍賣型市場。碳市場需要資金的期限轉換和風險管理，而在此基礎上會發展碳期貨、碳遠期等衍生產品交易，引導跨期投資和風險管理。最近OECD的研究報告也表明，相比碳稅，有價格穩定機制支持的碳市場可幫助投資者形成碳價逐年上漲的預期，更有利于促進減排。

碳市場的價格信號要形成全社會的引導，還取決于能否形成順暢的傳導，而電力系統是最重要的“二傳手”。電力行業在碳排放中占比差不多一半，居于碳價格傳導的關鍵環節。但電力定價目前還存在一定的行政管理，即使碳市場形成良好的價格信號，也無法通過電力價格有效傳導到其他的經濟環節。因此，繼續推動能源價格市場化改革勢在必行。此外，周行長還指出，電網還可以將碳價格分解提供給發電方、儲存方、調峰方、用戶方等不同主體，這中間涉及的激勵信號非常重要，要統籌協調好。