根據2001年《馬拉喀什協定》，清潔發展機制項目從開始準備到實施，最終產生減排量，需要經過以下主要階段：

　　項目設計：清潔發展機制項目的概念設計階段。 

　　參與國的批準：一個清潔發展機制項目進行注冊，必須由參加項目的每個締約方的國家清潔發展機制主管機構出具該締約方自愿參加該項目的書面證明，包括東道國指定的國家清潔發展機制主管機構對該項目可以幫助該國實現可持續發展的確認。 

　　項目審定：相關的技術準備工作完成之后，項目企業選擇合適的獨立經營實體（DOE），簽約并委托其進行CDM 項目的審定工作，基于項目開發者提交的項目設計文件，DOE對CDM項目活動進行審查和評價。 

　　項目注冊：如果獨立經營實體DOE經過審定，認為該CDM項目符合清潔發展機制項目的核實要求，它會以核實報告的形式向清潔發展機制執行理事會提出項目注冊申請。如果執行理事會的審查通過，該項目可以進行注冊。 

　　項目實施、監測和報告：注冊之后，清潔發展機制項目就進入具體實施階段。項目企業根據經過注冊的項目設計文件中的監測計劃，對項目的實施活動進行監測，并向負責核查和核證項目減排量的簽約經營實體報告監測結果。 

　　項目減排量的核查和核證：所謂核查：是指與項目企業簽約的經營實體對注冊的CDM項目在一定階段的減排量進行周期性的獨立評估和事后決定。所謂核證，是指該指定經營實體以書面的形式保證某一個CDM項目的活動實現了經核實的減排量。根據核查的監測數據，經過注冊的計算程序和方法，經營實體可以計算出清潔發展機制項目的減排量，并向執行理事會提交核證報告。

　　CERs的簽發：CERs是指核準的溫室氣體減排量。指定經營實體提交給執行理事會的核證報告實際上就是一個申請，請求簽發與核查的減排量相等的CERs.