碳市場的整體運轉需要有相應配套的支撐工具才能順利運轉，最主要的支撐工具為碳配額注冊登記系統、碳排放數據報送系統以及碳交易系統。碳配額登記注冊系統是用于記錄排放權的創建、歸屬、轉移及注銷等狀態及過程的工具，是配額及減排信用賴以存在的物理基礎。

從本質上來說注冊登記系統就是一本賬簿，記錄了配額（或減排信用）從產生到更換所有者到最后注銷的全過程。碳排放數據報送系統是用于排放單位向主管部門報告有關碳排放數據信息的系統，是政府進行碳市場數據管理的數據基礎。報送系統既可以是原始的紙筆記錄，也可以是電子文檔記錄，但由于填報信息的復雜性，使用電子化系統能夠確保信息的準確性以及管理上的靈活性。碳交易系統是交易所用于撮合市場交易的系統，主要用于碳排放權交易。目前已經確定注冊登記系統由湖北省承建，交易系統由上海市承辦，兩個系統正在緊張建設中。