目前核算指南所提供的核算方法尚偏向理論，但由于企業實際情況不一，工藝流程繁雜，因此指南中所列之規則很難指導具體實際的核算工作。從補充數據表的設計來看，盡管補充數據表已經傾向完善，但在一些具體細節問題方面，規則仍不清晰，專家組成員之間理解不同，不同地方的主管部門之間對規則理解也不一致，導致不同核查機構和地方主管部門對核查方式的處理千差萬別，各省市的核算結果可能也存在一定偏差，這也對后續的配額分配造成了挑戰。

為了確保數據質量，核查機構之間也有相互的核查，主管機構也會對核查部門的核查結果進行抽查。但是這種方法效率較低，且成本較高。數據的可信度應有賴于規范的標準體系。新頒布的核查要求強調了行業內的一致性，包括在核算方法、公式參數選擇的要求等技術方面的一致性。國家應對核查技術規則和方法制定全國統一標準并進行統一的培訓，有助于各核查機構把握準確的尺度。