清潔發展機制在碳排放權交易層面主要體現為核證減排量(CER)的轉讓（從《京都議定書》附件一(Annex I)以外的國家，轉讓至《京都議定書》附件一所列減排義務國家）。簡而言之，在中國即由發改委（作為清潔發展機制的中國境內實施機構）審核批準的清潔發展機制項目產生相應的CER，并由項目公司將該等CER通過協議轉讓或自愿取消(voluntary cancellation/“retirement”)的方式轉讓至相關的負有減排義務國家的買方。 

目前的國內碳排放權交易市場兩種交易類型分別是總量控制配額交易和項目減排量交易，前者的交易對象主要是指政策制定者分配給各企業的配額，后者的交易對象則主要是通過實施項目削減溫室氣體而獲得的減排憑證（從清潔發展機制的角度，該等減排憑證無論是否由境內政府機構認證，仍屬于自愿減排的范疇，無法被前述附件一所列國家主體用于履行《京都議定書》項下減排義務）。