煤炭企業對環境的污染主要來自于礦井，神東汲取煤炭生產對環境污染的經驗教訓，全面建設綠色礦井，堅持“源頭減少、過程控制、末端利用”理念，針對煤炭生產中產生的廢氣、廢水、廢渣，不斷創新技術與管理。

廢氣綜合防治：煤礦產生的廢氣主要是煤塵和煙氣，井下采取負壓通風降塵、干（濕）式風機除塵、噴霧與水幕降塵等綜合降塵措施，給員工配備高質量的防護用品，確保井下環境清潔和人員健康；地面原煤倉、皮帶棧橋、產品倉、裝車塔等儲裝運環節采取全封閉防塵，確保了礦區環境清潔；外運煤炭采取固化封塵，車廂噴灑固化劑消除了鐵路沿線煤塵污染，年減少風損60萬噸；中心礦區集中熱電聯供，減少工業鍋爐數量和煙氣排放；偏遠礦區的工業鍋爐配套安裝煙氣治理設施和在線監測設備；“氣十條”實施以來，淘汰、替換41臺工業鍋爐，提標改造88臺，全部實現達標排放。

廢水綜合利用：創新三級處理、三類循環、三種利用的廢水處理與利用模式，在一個缺水地區建成了超10萬人生活、年超千億元產值的大型煤炭生產基地。“三級處理”是指應用煤炭開采地下水保護關鍵技術，在采空區建成35座地下水庫（庫容總量3200萬噸，相當于兩個杭州西湖的水體量），地面建成38座廢水處理廠和3座深度水處理廠進行水質凈化處理；“三類循環”是指地下分布式水庫、選煤車間、鍋爐房構成廢水閉路循環系統；“三種利用”是指生產復用、生活雜用、生態灌溉實現水的多種利用。

廢渣綜合治理：創新井下無巖巷布置技術，從源頭減少矸石產量；掘進產生的矸石充填廢棄巷道，實現掘矸不升井；地面洗選產生的煤矸石，采取發電、制磚、填溝造田等方式全面資源化利用。