碳排放配額分配是碳交易制度設計中與企業關系最密切的環節。碳市場建立以后，由于配額的稀缺性將形成市場價格，因此配額分配實質上是財產權利的分配，配額分配方式決定了企業參與碳市場的成本。配額分配的類型可以分為免費分配和有償分配兩類。免費分配即配額以無償的方式分給企業，常用的免費分配方法包括祖父法和基準分配法，前者根據歷史排放發放配額（因此也被稱為“歷史法”），歷史法經常會出現的問題是“鼓勵落后”，即過去在減排控排做的并不好的企業由于其歷史排放高而得到了更多的配額，后者根據一定的基準發放配額，這種分配方式可以做到“鼓勵先進”，但對于基準的設計和數據基礎的科學性和準確性要求很高。配額的有償分配分為拍賣和固定價格出售兩種，前者由購買者競標決定配額價格，后者由出售者決定配額價格。