從目前主要試點的運行情況來看，全國碳交易市場規則存在一些共性的問題和不足，主要表現為以下方面：

　　(一)全國普適的上位法缺位，政府令法律效力較低，約束力欠缺。七個碳交易試點中，只有北京和深圳出臺了人大立法，其余地區均以政府規章形式對交易規則作出規定，法律位階較低。同時因為各試點區的法令僅在試點地區產生約束力，無法兼顧非試點區及其他地區的實際，對跨區域碳交易具有一定約束，影響了全國碳市場的快速發展。《全國碳排放交易管理條例》作為全國碳市場的基礎政策卻因立法周期和立法程序等因素的影響，還遲遲未進入執行階段，不利于碳市場減排目標的實現。

　　(二)交易機制的區別，導致交易市場間發展不均衡。各交易所立足本區域發展實際設計了獨具特色的碳交易機制，包括配額分配機制、履約機制、存儲和抵消機制。機制和規則的差異導致了各地方交易市場發展的不均衡，也增加了各試點之間聯結實現全國統一碳市場的難度。首先，非統一的碳交易規則也在一定程度上提高了“碳泄露”和尋租行為發生的概率，擾亂碳市場正常運行秩序。例如上海是唯一同時推出三年配額的試點，為全國試點中交易品種最多的碳市場。由于上海允許配額的跨年結轉，因此未清繳的年度配額在這之后依舊可以用于市場交易和未來兩年的配額履約，導致在其他試點履約截至期間(交易量最為活躍時期)的7月、8月，上海卻會連續出現交易量為零的情形。另，重慶特有的配額總量控制制度，允許企業實行配額申報，企業自主決定配額數量，政府只承擔總量控制，亦導致了交易量持續為零的情況出現。其次，與碳交易發展相適應的規則的變化，同樣易引起交易變動。廣州碳交易中心在 9 月底出現交易價格新低，這種狀況的出現基于廣東省碳交易規則逐漸適應國際規則的發展趨勢。我國在碳交易試點階段配額以免費分配為主，有償分配為輔，但根據國際慣例，隨著碳交易的發展、碳規則的完善，有償競價將成為配額獲得主要方式，廣東省9月有償競價交易價為26元/噸，成交價則統一擇取競買成功者當中的最低申報價，造成交易價格新低。

　　(三)針對碳排配額交易，目前交易所規則都僅對分配方法做了原則性規定，但沒有就無償分配或有償分配的具體標準和方法作出具有可操作性的具體規定。同時各交易所對于碳排放配額的初始分配方面，存在分配方法和標準不統一，公平性有待于進一步提升的問題。碳排放配額的分配方法和標準不統一，對于將來全國碳市場的建立也提出了非常大的挑戰。碳排放權作為一種無形的、法律擬制的復合型權利，兼具公法權力和私法權利的雙重屬性，具有稀缺性的特征。根據科斯定理，權利的初始配置關系到整個碳交易市場效率的實現。區域總量控制的前提下，進行碳排放權的初始分配需要處理好公平與效率的關系。碳交易市場有一個總量市場，在建立這個總量市場之后，如何找到一個系統的分配模式，在企業之間公平分配碳排放權以何為標準和依據，是目前迫切需要解決的關鍵問題。

　　(四)各交易所仍未建立基于市場的價格機制，價格受諸多因素影響，碳交易的非市場化嚴重。目前各交易所碳排放權交易的完成仍以政府為主導，市場參與程度較低，市場調節作用較弱，政府的決策成為企業行動、碳交易市場變動的導向。因此無法形成真正的市場價格，造成了定價機制的缺失，從而造成碳價的不合理波動。市場的透明度較低，企業無法預知碳產品價格的變動，導致控排企業和投資者對碳交易市場的信心不足，大部分碳交易市場表現出流動性低、活躍度弱的特征。

　　(五)各交易所規則缺乏對于違約行為的有效懲罰機制，無法保障順利履約。政府主導的碳交易活動的目的在于減少企業碳排放對生存環境的破壞；而企業參與碳交易的目的在于實現利益最大化。目的的不完全一致性，將引發企業的道德風險行為，在一定程度上佐證了碳交易懲罰機制存在的必要性。例如，2016年7月24日天津碳排放市場達到有史以來最低價17元每噸，造成這種低價的原因與天津對于不履約企業的懲罰力度差異直接相關。相比于國內其他試點省市，天津對納入企業不履約行為的懲罰力度較輕，根據規定企業僅需負有限期內改正和無法獲得優先融資等扶持政策責任，而其他試點省市在此之外還有其他懲罰機制。比如北京規定企業享有一定的寬限期，寬限期后企業仍不履約將被處以市場價格3-5倍的罰款。由此看出，必要的約束手段是保障碳市場平穩運行的必要措施，應完善各交易規則的懲罰機制。

　　(六)各交易所規則對于碳金融交易方面的規定存在許多不完善的地方。第一，碳交易所規則中缺乏對碳交易金融屬性的確認，雖然各交易所規則中都規定了金融監管部門等相關行政部門可在本部門職責范圍內參與碳市場監管，但碳市場主管部門與協管部門之間的協調僅是原則性規定，缺乏針對交易產品、交易方式和交易主體等具體監管職責內容的分配。這就無法充分覆蓋和協調對創新碳金融產品、從事碳交易金融服務的中介機構和投資機構等的監管，造成了監管漏洞與合法性沖突。如碳現貨遠期交易，僅通過發改委的審核或者備案，缺乏明確的金融監管部門審查、批準程序，其產品的合法性以及監管權限存在疑問。第二，碳交易所實施的自律管理僅能在一定程度上實現市場參與者合法權益的保障和交易市場的有序運營，但是目前我國的碳交易所并非經過國務院或國務院金融管理部門批準設立從事金融產品交易的交易場所，在金融市場法律規范中沒有被確認，因此可能存在碳交易所規則所涉及的金融交易的自律管理規則無法替代金融監管制度的風險。第三，目前碳交易所管理規則與金融監管規則無法有效銜接與協調，造成了交易產品、交易主體的合法性問題和監管沖突，而監管空白或重疊將最終引起潛在的金融風險。第四，相對于國家碳金融市場來說，我國碳金融面臨各種風險，包括制度風險、政治風險、商業風險和一些不可抗力的風險。針對這些問題就迫切需要一些積極的碳金融工具應運而生來幫助人們盡可能地避免這些風險，同時也更好地拓展金融發展的進程，然而我國現階段的碳金融工具創新還沒有充分發揮這一作用。