配額的初始分配是指碳排放交易主管部門通過法定方式將排放配額分配給負有減排義務的主體。配額的初始分配關乎溫室氣體減排義務主體的積極性以及碳排放交易市場的流動性，因而對碳排放交易體系的有效運作至關重要，涉及配額的取得方式、分配方法、早期減排者的公平待遇、新進企業或設備的公平競爭、政府對碳排放交易市場的宏觀調控等問題。

　　1)取得方式：根據控排單位取得碳排放配額是否支付對價，將配額分配分為有償分配和無償分配。從各試點的配額方案來看，我國碳排放配額初始分配方式目前主要采用混合方式：以無償分配為主，有償分配為輔。其中，上海、重慶、湖北碳排放配額初始分配則采用無償分配的方式。

　　2)分配方法：如上所述，目前我國初始分配方式分為無償分配和有償分配兩種。其中，無償分配按照分配的參照標準不同又分為基于“祖父法則的分配”(grandfathering allocation， GF)和基于“標桿法則的分配”(benchmarkingallocation， BM)。祖父法即按照控排單位的歷史排放量(采用近幾年的平均值)確定配額，適用于生產工藝產品特征復雜的行業，其優點在于計算方法比較簡單，對數據的要求量小，但其缺點也很明顯，比如變相獎勵了過去排放量高的企業，對較早采取減排行動的企業有失公平，沒有考慮到企業近期的經濟發展狀況，對于新進入的企業缺乏歷史排放數據作為參考等等。杠桿法即以碳排放強度作為行業基準值，某行業的碳排放量代表某一生產水平的單位活動碳排放量水平，并用來作為碳交易中的配額初始分配參考指標，適用于生產流程及產品樣式規模標準化的行業。[8] 有償分配主要分為拍賣和政府定價兩種。我國每個碳交易所采取的配額分配方法不盡相同且較為復雜，其中七個試點地區的配額分配方式如下：[9]

　　天津：天津市的配額分配采取了祖父法則和標桿法則相結合的方式，對電力、熱力采取標桿法則進行碳排放配額的初始分配，而對于其他行業則采取祖父法則。在采取祖父法則的同時，天津通過引入績效系數對早期減排進行鼓勵和補償的做法值得肯定。之所以對電力和熱力采取標桿法則，是因為按照實際產能分配和調整配額可以促使排放水平在基準以下的企業改進技術，在減少碳排放的同時減輕該行業的配額壓力。

　　北京：北京碳排放配額的初始分配分為既有設施的碳排放配額分配和新增設施的碳排放的配額分配兩種。其中，既有設施的碳排放配額分配根據行業不同分別采取基于祖父法的分配和基于標桿法的分配。對于2013年1月1日之前投運的制造業、其他工業和服務企業采取基于祖父法則的分配；對于供熱企業(單位)和火力發電企業在2013年1月1日之前已投入運行的排放設施采取基于標桿法則的分配。北京的碳排放配額分配根據不同行業的特點采取了不同的分配方式，具有靈活性和可操作性等優勢。但是，基于祖父法則的分配方法并沒有考慮早期減排者的配額補償問題，從而造成早期減排者獲得的配額少于未從事早期減排者，有失公平。

　　上海：上海與天津、北京類似，也采取了祖父法和標桿法相結合的分配方法。不同的是上海對適用分配方法的行業部門的劃分更加細化。對于電力、航空、機場和港口行業，適用標桿法則；對于工業行業和商場、賓館、商務辦公建筑及鐵路站點行業，則適用有區別的祖父法則。其中，對工業行業允許分配配額給新增項目，而對商場、賓館、商務辦公建筑及鐵路站點的新增項目沒有納入配額管理。

　　深圳：深圳的配額分配實質上采取了變通的杠桿法則。深圳為每個參與碳排放交易的管控單位制定目標碳強度，而標桿法則是針對整個行業制定目標碳強度。標桿法則確保了同一部門內的企業公平競爭，深圳的方案則因為注重同一部門內部不同企業特性(如減排潛力、技術水平、減排承諾等)而更加具有靈活性。

　　廣東：廣東省的碳排放配額雖然也采取祖父法則和標桿法則相結合的方法，但是并未明確兩種分配方法的適用范圍。此外，基于歷史排放的分配方法也沒有考慮到早期減排者的配額分配問題。

　　重慶：重慶的配額分配方案與以上幾個試點明顯不同，既沒有采取標桿法則也沒有采用祖父法則，而是創新地提出了“分配基數+配額調整”的全新思路。重慶的配額分配分為三步，即申報、分配和調整。

　　湖北：湖北碳排放配額實質采取了祖父法與變通了的標桿法則相結合的形式。湖北對于電力企業的配額分配分為兩個步驟，第一步實際上是祖父法則的應用，第二步的增發配額中的標桿值類似于標桿法則中的部門平均單位發電量碳排放量。此外，祖父法則的適用也沒有考慮到早期減排者的分配問題。

　　5、抵消機制與溫室氣體自愿減排交易：各試點均規定了核證自愿減排的抵消機制，即納入碳排放交易的單位可以通過購買國家核證自愿減排量抵消其超額溫室其他排放。抵消機制的設計進一步擴張了碳排放交易市場對國家核證自愿減排量的需求，進而激勵了溫室氣體自愿減排項目的實施。各地區對于ccer的抵消能力做出了統一的規定，即1個CCER等同于1個配額，可以抵消1噸二氧化碳當量的排放，但各地區對于抵消比例和抵消條件的規定都有所不同，具體如下：

　　北京：重點排放單位可以使用CCER抵消其排放量，比例限制為不得高于其當年排放配額的5%，利用京外項目的CCER抵消排放，不得超過當年其核發配額的2.5%，并且優先使用河北省、天津市等預備級市簽署了應對氣候變化、生態建設、大氣污染治理等相關合作協議地區的CCER。

　　上海：納入配額管理的單位可以利用CCER抵消碳排放的比例不超過該年度企業通過分配取得的配額的5%，納入配額管理的單位不得使用其排放邊界范圍內的CCER抵消。

　　天津：納入碳排放交易的企業可以使用一定比例的CCER抵消其碳排放量，抵消量不得超過其當年實際碳排放量的10%，CCER沒有地域、項目類型、排放邊界等限制。

　　重慶：納入企業利用CCER抵消碳排放的比例不得超過企業審定排放量的8%，對CCER的來源沒有特別限制。

　　深圳：管控企業使用CCER抵消碳排放的比例不得超過初始配額的10%，管控企業不得使用其排放邊界范圍內的CCER。

　　廣東；控排企業使用CCER抵消碳排放的比例不得超過初始配額的10%。用于抵消的CCER至少有70%產生于廣東省內的溫室氣體自愿減排項目；控排企業不得使用其排放邊界范圍內的CCER抵消碳排放。

　　湖北：控排企業使用CCER抵消碳排放的比例不得超過初始配額的10%，CCER產生于湖北省行政區域內；控排企業不得使用其排放邊界范圍內的CCER抵消。

　　抵消比例的大小關系到企業減排成本和減排積極性問題，從國內外碳交易實踐來看，自愿減排量的成交價格往往低于配額價格。由此，如果抵消比例過大，那么企業就偏向于購買CCER以抵消其超額排放，從而減排的積極性就會降低；如果抵消比例過小，那么企業就要購買高價配額或者加大減排，從而企業減排成本或壓力更大。所以，抵消比例的設置應當均衡考量各種因素。此外，抵消條件越嚴格，納入碳交易的企業的減排成本就越大，減排效果就越明顯。相較于抵消條件嚴格的試點而言，抵消條件不作限制的試點內企業的減排成本相對較低、減排效果相對要差。