考慮到交易期內會有新企業誕生，EU ETS三個階段均將一定比例配額納入各國配額儲備庫，用于對新進入企業配額的分配，這樣一方面使得總量控制得到保證，確保了配額的稀缺性，另一方面也保證了新進入企業的發展權。歐盟成員國獲得儲備配額后（包括拍賣用配額和新進入者預留配額），通過各國主管部門統籌組織，開展相關的拍賣和分配行為，新進入者需要向所在國家的主管部門提出申請，經該國政府核查后方可領取免費的預備配額。當預留配額出現剩余時，各國的處理方式不盡相同：有16個成員國選擇將剩余的預留配額投放到市場上進行拍賣；還有6個國家（包括德國、法國、西班牙等）由于持有較多的預留配額（剩余22%），被統一注銷廢除。

2 停業者配額管理 

歐盟委員會針對停業設施所得配額的處理方法是由政府沒收停業設施原先分派的排放配額，各成員國的實施結果有所區別：瑞典和荷蘭允許停業設施的排放配額擁有者至少可以保有配額到其交易期結束；德國提倡并被一些成員國采用的轉讓規則規定停業設施可以將配額轉讓給新進入者，但涉及的停業設施和新進入設施必須位于同一成員國內，這是因為德國存在工廠遷往東歐的客觀情況，轉讓規則能為維持德國本土生產設施提供一定的激勵。

3 折量拍賣

2014年2月25日，歐盟委員會在立法程序上通過了《歐盟排放交易體系拍賣條例修正案》（即“折量拍賣”，back-loading）的調整方式，2014年2月27日，EU ETS正式實施折量拍賣，利用政策調整降低配額過量對市場價格的影響。折量拍賣作為影響市場價格的短期工具，主要內容是由歐盟委員會將原定2014至2016年拍賣中近9億噸配額推遲到2019至2020年進行拍賣，以期縮減2019年之前的市場配額流通量。據估計，超過半數的第三階段配額將被推遲拍賣。

4靈活履約

根據歐盟鏈接指令（EU Linking Directive，2004）的規定，允許重點排放單位使用CDM項目產生的CER及JI項目產生的ERU進行履約，但是歐盟市場的各交易階段對抵消信用額度的使用作出了不同的限制。第一階段允許無限制使用CDM和JI履約。第二階段和第三階段對碳抵消項目的質量做出了限制，主要排除了土地和林業項目和核能項目的使用，并嚴格限制大型水電項目的使用。