歐盟委員會在前兩個階段均采用了免費分配為主，有償分配為輔的分配方式，這兩個階段中的實際拍賣量從第一階段的300萬噸（占比0.13%）至第二階段的750萬噸（占比約4%），和歐盟期望的5%－10%的趨勢仍有距離，但有償分配方式已逐漸成型。

象征EUETS改革的第三階段力推配額拍賣方式，從2013年開始，電力部門（利用廢氣發電和部分中東歐國家的除外）以及捕獲、傳輸和儲存二氧化碳的部門將全部通過拍賣獲得配額。對于電網建設較為落后或能源結構較為單一且經濟較不發達的10個成員國，歐盟提供了“減損”選擇，允許其在第三階段的電力部門配額從免費分配逐漸過渡到拍賣，2013年時可以獲得最多70%的免費配額，比例逐年遞減，到2020年時需要全部通過拍賣獲得。最終有8個東歐國家（捷克、保加利亞、羅馬利亞、愛沙尼亞、匈牙利、塞浦路斯、立陶宛和波蘭）采取了此選擇，拉脫維亞和馬耳他放棄了該方案。只有在2008年12月31日開始運行的發電設施才可以獲得免費配額。對于工業和熱力部門，無碳泄漏風險的行業拍賣比例將從2013年的20%上升到2020年的70%，目標是到2027年實現100%拍賣。面臨歐盟外部競爭、存在高碳泄漏風險的行業將在第三階段獲得100%免費配額。本文節選自《中國碳排放權交易實務》，孟早明 葛興安等編著，化學工業出版社）