雖然
CDM具有巨大的潛在經濟效益，但 CDM 項目并非沒有風險。CER 的交易是一種期貨交易，且交易期限至2012年，不確定因素較多，風險也會隨之而來。CDM 項目風險與項目類型、交易主體均有一定聯系，在項目運作過程中的風險主要包括：
（一）注冊風險
CDM項目必須要履行國內、國際兩套審批程序，經過多個機構審批，審批程序復雜。影響CDM注冊的因素主要包括：
1、CDM 的合格性不符合相關條件，如資金和/或技術的額外性不足，則存在CDM 項目不能取得政府批準函，項目在EB不能注冊的風險；
2、CDM 規則的變化，如 PDD 版本和
方法學更新都可能對項目進度或者項目能否注冊產生影響；
3、如果 CER 售價過低，在報國家發改委的時候也可能得不到批準。
由于 CDM 項目前期需要投入開發費用，且大多 CDM 項目只有投資后才能銷售 CER 取得收益，因此 CDM 項目如果沒有成功注冊，項目業主投入越多則損失越大。
（二）項目建設、運營風險
項目建設、運營風險包括項目是否按期建成投產，由于項目設計不合理、監測不準確等原因而導致項目實際產生CER少于預期，或者其他原因導致項目 CER 逾期不能交付等風險。
2012年后《京都議定書》是否繼續有效，國際 CDM 合作機制是否產生變化將直接影響 CDM
減排的有效期和帶來的效益；其次，中國以及發達國家對 CDM 的態度和政策的改變都會影響CDM項目的執行。
中國作為發展中國家，目前不必履行《京都協議書》的減排規定，但在排放總量的硬約束下，中國的減排壓力肯定越來越大，相關政策的變化將直接影響國內CDM項目的經濟效益。
