協議轉讓又稱協議交易，指交易雙方自行協商就交易達成一致后向交易所進行申報并完成交易、結算的交易方式。中國碳市場的協議轉讓本質上是一種由交易所作為結算方的場外交易方式（OTC）。

碳市場初期存在的一個最大特點是流動性不足，即市場上交易量不夠，不足以滿足企業履約的交易需求。特別是對一些有較大配額缺口的企業，要通過掛牌公開交易從市場上直接采購數萬噸甚至上十萬噸的配額非常困難。對于這類企業，協議轉讓提供一種可行的解決方式，即配額缺口大的企業能夠直接與能夠提供相應量的配額的企業進行溝通，談妥交易價格和交易量后再通過交易所進行結算交收。

因此，可以看出，協議轉讓在初期流動性不足的碳市場中起到至關重要的作用。國外的經驗也說明了這一點，歐盟碳市場（EU ETS）在其運行的頭幾年，場外交易的交易量占總交易量的比重一直在一半以上。