（1）建立全國統一的核算、報告和核查體系，深化改革逐步解決直接和間接排放并存的問題。碳排放權在法律意義上存在排他性，不同標準、重復計算或重復分配可能帶來配額不同質的根本問題，也造成未來國際市場聯接時的困難，雖然目前國內市場由于電力和熱力價格形成和傳導機制不暢等原因將間接排放納入了計算范圍，但這個問題與其他保障公平可比的機制一樣，都需要在統一碳市場運行中不斷去改善。一是對于直接排放和間接排放采取分別核算、分別報告、分別核查、分別交易的辦法，逐步從現實妥協的“努力可比”過渡到依法均質的“產權可比”的分配機制。重點排放單位分別核算和報告溫室氣體直接和間接排放量，主管部門據此分別分配直接配額和間接配額，碳市場運行初期直接配額和間接配額允許同等或比價交易，但在注冊登記系統中設置兩個不同的產品標簽。隨著能源價格體制改革特別是電價改革的進展，國家配額交易應從直接和間接排放并用逐步過渡到單一直接排放的市場體系。二是統一重點排放單位報告入口，完成企業直報系統與注冊登記系統的聯接，實現排放、配額和交易信息系統的一體化。所有參與全國碳排放權交易的重點排放單位統一直接向國家溫室氣體排放直報系統填報溫室氣體排放信息，并與注冊登記系統完成聯接，地方交易試點原來的報告窗口在全國交易啟動前逐步轉并至國家直報系統，區域級市場和普惠制市場逐步實現與全國直報及注冊登記系統的對接，從系統和機制上形成國家排放、配額和交易統一管理的體系。

（2）平衡地方的差異性和行業的可比性，實施正向激勵的公平配額分配方案。地方的差異性和行業的可比性應該有所平衡，但這兩者在制度設計中不可避免存在優先次序和權衡考量，應至少避免出現加劇區域間發展不平的情況，以及戰略性新興產業變相“補貼”高排放產業的“逆向選擇”。一是結合國家區域、行業發展戰略和重點任務，配額分配要考慮發展大局與減排政策的協同。配額分配除考慮發展階段、責任能力等因素外，還要體現主體功能區、京津冀協同發展、長江經濟帶等區域發展戰略以及“三去一降一補”等行業重點任務，其中地方的差異性應該給予更為重要的關注，而行業的可比性可以通過“特殊事項”來得以解決，比如電力、鋼鐵、建材、化工等高排放且行業集中度較高、以全國性集團公司為主的行業可以實行可比的控排系數，而其他較為分散的、具有地方特色的產業則可以考慮采用差異化的指標來管理。二是在新增配額的使用上，實行先進技術優先、落后地區優先的雙重管理。鼓勵更為先進的技術部署，在重要技術代際標準上應逐漸從當前的“祖父法”為主過渡到“基準法”或“先進值法”，避免在經濟下行區間傳統高排放且產能過剩的行業配額富余反而成為獲利的賣方，出現“劣幣驅逐良幣”的情況，同一區域內先進技術擴大產能、同等技術排放標準下落后地區投入新興產業應優先獲得新增配額。