目前7個試點地區的懲罰條款差別很大。在深圳，未履約企業或繳納罰款（差額乘以前6個月市場均價的3倍），或沒收下個履約期一定數量的配額（相當于未履約差額）。而在天津，違規企業無需繳納任何罰款，但企業可能無法享受其他政策優惠。

試點經驗表明，配額的分配方法非常重要?！白娓冈瓌t”是根據企業的歷史數據發放配額；行業基準原則是根據同行業排放源的碳強度發放配額。兩種方法的優缺點一直存在廣泛爭議。

另一個比較重要的因素是分配方法能否鼓勵企業進行長期決策。何時發放配額、發放哪一年或哪幾年的配額，有效期多久，配額總量是否會調整，都會影響企業是否買賣配額進行履約。

試點還暴露出重復計算的問題。中國的排放權交易試點項目同時包括直接排放源和間接排放源。例如，發電企業（如電廠）和用電單位（如大型商業建筑）同時參與同一個排放權交易市場，同時被分配配額，互相之間可以進行配額交易。用電單位開展能效項目后，消耗配額較少，可將剩余的配額出售，這時就會出現重復計算。同時，如果發電企業在同一交易地區，由于能效項目使得用電單位用電減少，電廠需要的配額更少；因此，電廠可以出售這樣的盈余配額。用電單位和發電企業銷售盈余配額增加了追蹤排放的難度，并且可能導致排放量和減少量的重復計算。