從這兩類碳交易市場對實體經濟產生的效應看，配額交易更適合減排成本較低、自我調整能力較強、可很快適應減排要求的排放實體，通常這些實體集中在工業、交通、能源等部門；而其他一些適應能力差的行業，更需要額外的資金支持來推動減排的實施，這些行業如林業、農業等通常排放分散，減排障礙較大，減排動力不足，適合應用減排量交易機制。從這兩類市場滿足市場需求的情況看，它們有很強的互補性：前者保證了效率，而后者在支持可持續發展方面具有極大的潛力。因此，大多數配額交易系統都會允許使用一定限額的減排量指標。