分權化治理模式指該體系所覆蓋的成員國在排放交易體系中擁有相當大的自主決策權，這是歐盟排放交易體系與其他總量交易體系的最大區別。其他總量交易體系，如美國二氧化硫排放交易體系等都是集中決策的治理模式。歐盟排放交易體系覆蓋27個主權國家，它們在經濟發展水平、產業結構、體制制度等方面存在較大差異，采用分權化治理模式，可以在總體上實現減排計劃的同時，兼顧各成員國差異性，有效地平衡了各成員國和歐盟的利益。