碳市場中，第三方核查機構起著非常重要的作用。例如，美國東部地區溫室氣體倡議(Regional Greenhouse Gas Initiative，簡稱RGGI)市場委托第三方機構參與監管可以解決政府內部技術及專業監管力量不足等難題。核證機構的核證行為決定了出讓人的碳排放權是否可以進行交易，是保證碳排放權交易制度公正性和科學性的關鍵，核證機構必須嚴格遵循法定程序和業務要求，審慎履行職責。如果核證機構嚴重不負責任，為了牟取非法利益出具虛假的核證報告，甚至與被核證的交易主體勾結起來欺詐社會公眾，逃避監管，無疑會對相關方造成嚴重損害，違背碳排放權交易制度設立的初衷。因此，應加強對核證機構的監管，制定《碳市場交易第三方機構管理辦法及核查指南》，規定碳排放第三方核查機構的準入制度和核查標準，明確第三方核查機構的工作程序和流程，建立核查機構評級制度、保密制度等，建立碳排放評價標準體系和監測報告核查體系以及相應罰則等內容，規范第三方核查機構核查行為。

真實、準確、全面的碳排放數據是建立碳排放權交易體系最重要的基礎。對于一個交易無形產品的市場來說，市場參與者的信任無疑是非常重要的，任何在碳排放數據上的弄虛作假，將打擊市場參與者的信心。因此，應制定部門規章——《企業碳排放信息報告與核查實施細則》，以建立完善的碳排放數據報告制度，確保報告流程的規范、報告數據的質量和數據核查的獨立客觀。建立較為完善的政府監管抽查機制，賦予政府主管部門對企業的碳排放報告和核查機構的核查報告進行隨機抽查的權限，嚴厲查處“造假者”。